В состав Института входит 8 научных подразделений:

ОТДЕЛ   ЯЗЫКОЗНАНИЯ

ОТДЕЛ ЛИТЕРАТУРОВЕДЕНИЯ И ФОЛЬКЛОРИСТИКИ

ОТДЕЛ ФИЛОСОФИИ, КУЛЬТУРОЛОГИИ И РЕЛИГИОВЕДЕНИЯ

ЦЕНТР ВОСТОЧНЫХ РУКОПИСЕЙ И КСИЛОГРАФОВ

ОТДЕЛ ИСТОРИИ И КУЛЬТУРЫ ЦЕНТРАЛЬНОЙ АЗИИ

ОТДЕЛ ИСТОРИИ, ЭТНОЛОГИИ И СОЦИОЛОГИИ

ЛАБОРАТОРИЯ АРХЕОЛОГИИ, ЭТНОЛОГИИ И АНТРОПОЛОГИИ

ЦЕНТР ПЕРЕВОДОВ С ВОСТОЧНЫХ ЯЗЫКОВ